5. september 1906 ble menigheten stiftet som den første frikirkelige menighet i Notodden. Det ble vedtatt å slutte seg til Det Norske Misjonsforbunds statutter.

Menigheten var tallrik og aktiv med mange forskjellige møter både på søndager og i uka.  Søndagskolen ble etablert i 1909; flere år med rundt 100 barn. Samme året ble ungdomsforening ”Klippen” startet, og like etter ”Yngres Aftenmisjon”; en forening for unge menn og kvinner, som skulle arbeide for (ytre)misjonens sak, i motsetning til ”Klippen” som arbeidet for byens og distriktets ungdommer.

Kvinnemisjon har alltid vært en aktiv del av menigheten – og ble faktisk etablert før menighetens innstiftelse!

Det som ellers preget menighetens virksomhet de første årene var skiftende tilholdssted, men 14.oktober 1924 kunne det nye Misjonshuset i Telegata innvies. Dette er fremdeles i bruk i dag, men har gjennomgått atskillige oppusninger og hensynsmessig tilretteleggelse.

Misjonskirken har vært med på å stifte to menigheter; Eben Ezer i Heddal og Sauherad Misjonsmenighet.

Opp gjennom tidene har det vært mye velsignelse, vekkelsestider, men også skiftende oppslutning, særlig i nyere tid. På 80 – 90 tallet hadde menigheten et godt både barne- og ungdomsarbeid med barnegospel, barneklubb, ungdomskor og ungdomsklubb, og ikke minst en storsatsing på team. Teamet, og ungdomskoret Diesel preger fortsatt mange ungdommer.

Misjonskirken har de siste årene hatt satsing på ungdoms/unge voksnes arbeid på felles basis i byen, og er i ferd med å igangsette ny søndagskole. Dette viser at mye av den iver og glød som pionerene de første årene var i besittelse av, også preger menigheten i dag.